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DeePMD深度势教程6:AbacusSTRU文件转换方法

DeePMD深度势教程6:AbacusSTRU文件转换方法

大家好,我是小马老师。

本文是深度势DeePMD专栏的第6篇教程:Abacus结构文件STRU的转换方法。

DeePMD深度势训练需要提前准备数据集,训练数据集的生成有两种方式:使用DP-GEN Init_bulk命令或者使用第一性原理(Abacus、cp2k等)计算。

Abacus计算和lammps模拟类似,需要先有结构文件STRU,STRU文件包含了原子类型、mass、赝势和轨道文件名称以及原子坐标信息。

如果对STRU结构文件比较熟悉,可以手动编写STRU文件。

当然,最简单的方法还是用软件把cif文件转换为STRU文件,所用到的软件为ase。

下面以CaO为例,演示使用ase软件把cif文件转换为STRU的方法。

(1)安装ase软件

git clone gitlab /1041176461/ase-abacus.git cd ase-abacus python3 setup.py install

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