AF3​​​​​​​Msa、TemplateHit、HitMetadata类解读

parsers模块中的Msa、TemplateHit和HitMetadata主要用于解析比对数据，并为 AlphaFold3 提供多序列比对（MSA）和模板搜索的中间数据结构。这些类在MSA 处理和模板搜索中扮演重要角色，帮助将解析后的数据标准化，并提供一致的接口给后续的 AlphaFold3 组件使用。

源代码： DeletionMatrix = Sequence[Sequence[int]] @dataclasses.dataclass(frozen=True) class Msa: """Class representing a parsed MSA file""" sequences: Sequence[str] deletion_matrix: DeletionMatrix descriptions: Optional[Sequence[str]] def __post_init__(self): if(not ( len(self.sequences) == len(self.deletion_matrix) == len(self.descriptions) )): raise ValueError( "All fields for an MSA must have the same length" ) def __len__(self): return len(self.sequences) def truncate(self, max_seqs: int): return Msa( sequences=self.sequences[:max_seqs], deletion_matrix=self.deletion_matrix[:max_seqs], descriptions=self.descriptions[:max_seqs], ) @dataclasses.dataclass(frozen=True) class TemplateHit: """Class representing a template hit.""" index: int name: str aligned_cols: int sum_probs: Optional[float] query: str hit_sequence: str indices_query: List[int] indices_hit: List[int] @dataclasses.dataclass(frozen=True) class HitMetadata: pdb_id: str chain: str start: int end: int length: int text: str <