主页 > 创业  > 

(视频教程)Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化

(视频教程)Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化

不想做太多的前情解说了,有点累了,做了很久的内容,包括整个分析,从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化!单细胞代谢分析我们写过很多了,唯独少了最“高级”的compass,有很多小伙伴需要,终于出了!我们的教程有什么: 1、compass软件安装-主要是解决安装error-以及一些依赖软件问题cplex。 2、分析流程测试,包括正常的分析和micropooling的测试。 3、python版下游分析及可视化。 4、有些小伙伴不会用python或者不习惯,所以出了R版的下游分析及可视化。 5、所有流程有分段视频解说。

Compass是一篇cell文章提出的方法,单细胞、bulk中都可以进行分析。具体请阅读:Wagner et al., 2021, Cell 184, 4168–4185August 5, 2021 ª 2021 Elsevier Inc. doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.045,Metabolic modeling of single Th17 cells revealsregulators of autoimmunity。

Github:GitHub - YosefLab/Compass: In-Silico Modeling of Metabolic Heterogeneity using Single-Cell Transcriptomes. 官网也给出了详细的教程和解释!

主要可视化是复现Cell文章中的图:

标签:

(视频教程)Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化由讯客互联创业栏目发布,感谢您对讯客互联的认可,以及对我们原创作品以及文章的青睐,非常欢迎各位朋友分享到个人网站或者朋友圈,但转载请说明文章出处“(视频教程)Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化